11-точечная система автофокусировки (с одной крестовой точкой) первой модели EOS 6D выглядела устаревшей уже на момент запуска камеры, поэтому совершенно логично, что Mark II получила полное обновление системы. Вместо того, чтобы позаимствовать 61-точечную систему у EOS 5D Mark IV, в 6D Mark II Canon применила 45-точечную систему, схожую с той, что используется в APS-C камерах компании – EOS 80D и EOS 800D.
Хорошая новость заключается в том, что вместо одной крестовой точки, в Mark II все 45 точек – крестовые, а центральная точка двойная (вторая точка расположена под 45 градусов к первой для увеличения точности). Более того, 27 точек продолжают работать при использовании объективов с максимальной диафрагмой до f/8, а девять из них остаются крестовыми. При этом EOS 6D Mark II предлагает неплохой уровень управления настройками системы автофокусировки с 16 различными опциями.
Покрытие 45 точками сосредоточено ближе к центральной части кадра, из-за чего при смещении объекта из центра придется переодически менять композицию. В остальном, автофокусировка работает достаточно хорошо, в большинстве случаев быстро и точно находя объект. Даже в условиях слабого освещения EOS 6D Mark II показывает неплохие результаты – система чувствительна вплоть до -3EV.
EOS 6D Mark II также получила фирменную систему Dual Pixel CMOS AF для фото и видео в Live View. Система позволяет фокусироваться быстро и плавно, используя тачскрин для выбора точки автофокуса.
